La natura del territorio materano con le gravine e gli eventi storici hanno dato sviluppo tra l'VIII e il XVI secolo ad un coplesso fenomeno quello del movimento monastico basiliano, benedettino, eremitico e poi anche francescano e domenicano.
Evidentemente, nell'agro di Matera, territorio di confine tra Oriente ed Occidente, ovvero tra il Ducato longobardo di Benevento e le province bizantine, confluirono monaci di diverse espressioni religiose di rito latino e orientale. In questa terra, Matera, punto d'incontro tra le diverse religioni, i monaci trovarono le condizioni ideali per fondare e cotruire insediamenti cenobitici, lauriotici ed asceteri, secondo gli schemi dei paesi d'origine, generando quella fusione di elementi latini con quelli greco-orientali,  che dava vita a un patrimonio d'arte e cultura che diventerà patrimonio dell'Unesco. I monaci hanno scavato nella roccia calcarenitica chiese e cenobi, contribuendo notevolmente allo sviluppo urbanistico e culturaledella città e contribuivano anche ad elevare spiritualmente e socialmente le comunità pastorali che vi abitavano intorno.

Le chiese scavate nella roccia, per questo motivo chiamate rupestri, sono state impreziosite da affreschi e preziosismi architettonici, così da creare delle opere davvero eccezionali e contribuendo così allo sviluppo di quell'architettura in negativo, che dalla gente del posto era conosciuta poichè era avvezza a ricavare nella roccia le abitazioni. La natura della roccia di origine marina, la calcarenite, ha favorito il modellamento di questi luoghi che venivano scavati da maestri esperti di arte litomica. D'altronde, il fenomeno delle case e conventi scavati nella roccia si ritroivano in altri siti del Mediterraneo come in Cappadocia, Giordania e Palestina. Bisogna distiguere dal punto di vista architettonico diverse tipologie di chiese a Matera: si sono riscontrate chiese latine con elementi orientali così come chiese greco-ortodosse con influenze latine, insomma queste strutture si presentano con una planimetria varia ed armonica sia nell'abitato di Matera sia nell'agro. Un'altra caratteristica non meno importante è la costante presenza all'interno delle chiese di affreschi di notevole fattura, che ne inpreziosivano l'interno e testimoniano l'alto grado di cultura raggiunto dalle comunità rupestri. Questi affreschi hanno degli elementi comuni per stile, tecnica ed espressività a quelli dell'Armenia, della Cappadocia, ma anche delle chese in Puglia e Calabria. Negli ultimi trent'anni, purtroppo, molti affreschi sono stati distrutti, invece altri luoghi sono stati depauperati di queste opere da gente priva di rispetto del patrimonio culturale di tutti. Questi affreschi avevano una funzione molto importante nelle Chiese rupestri a Matera: abbellivano il luogo di culto, davano luce e elevavano lo spirito dell'orante, quest'arte e tradizione non ha tramandato i nomi dei maestri che realizzarono queste opere, anzi vi sono problemi anche nella datazione che spesso risulta di incerta collocazione nel tempo, trattandosi di arte periferica. Infatti, solo negli ultimi anni gli affreschi sono stati rivalutati dagli stessi critici d'arte che ne hanno riconosciuto, di recente, il valore pittorico. Solitamente gli affeschi risentono di una influenza di origine bizantina,  nonostante si nota che la matrice è solitamente latina: si tratta, come già nell'architettura di una mera fusione di diverse espressioni culturali presenti nel territorio.

Di seguito si riportano alcune delle più interessanti chiese rupestri di Matera, come esempio dello sviluppo di questo complesso fenomeno culturale ed architettonico nel territorio:

Santa Maria de Idris e San Giovanni in Monterrone

Santa Lucia e Agata alle Malve

Convicnio di Sant'Antonio

Santa Maria de Armenis

Santa Barbara

San Pietro Barisano

Madonna delle Virtù e San Nicola dei Greci