Le origini di questa chiesa romanica, detta anche Santa Maria la Nova ai Foggiali, risalgono agli inizi del XIII secolo e sono legate alle penitenti che provenivano da Accon, monache che furono portate dalla Palestina a Matera, per rinfocolare la fede dei cittadini dal Vescovo Andrea.

Verso la fine del XV secolo la chiesa fu abbandonata, insieme al convento, poichè lo spazio era esiguo per la comunità monastica, ma nel 1695 Monsignor Del Ryos Culminarez la riaprì al culto, assumendo il nome che porta oggi di San Giovanni Battista.

La facciata, sovrastata da un timpano con un rosone al centro, è stata rafforzata già alla fine del XVIII secolo, a causa del crollo delle tre cupole da quattrro archi spessi, al cui centro vi è l'ingresso con un ricco portale strombato.

All'interno la chiesa ha la pianta a croce latina, divisa in tre navate al centro intersecate da un transetto divise da pilastri con semicolonne con capiltelli a motivi zoomorfi,antropomorfi e fitomorfi.

Nella navata di destra vi è una fonte battesimale del 1929 opera dello scultore torinese E.Renduzzi e in una nicchia si trova la statua di San Giovanni del XVI secolo.

Nella navata di sinistra si può ammirare sul primo altare un affresco che rappresenta Santa Maria la Nova del XVI secolo  e, di seguito, vi è la Cappella dei Santi Medici, su cui si trova un dipinto di V.A.Conversi del 1727 della Vergine in gloria con i santi Antonio abate, Cosma e Damiano, Biagio e Vincenzo. In una nicchia si può vedere una Pietà di legno policromo, opera dello scultore materano P. Calabrese del 1888.

La chiesa è di notevole interesse storico-artistico, poichè sintetizza gli elementi architettonici meridionali con quelli settentrionali e orientaleggianti.