La Chiesa risale alla metà del Duecento e sorge su una cripta ipogeica dei SS. Pietro e Paolo, in cui vi è un affresco del XII secolo raffigurante Papa Urbano II, in visita a Matera nel 1093. Alla cripta si accede tramite una botola situata sotto la terza cappella della Chiesa; i cronisti raccontano che in questa fu ospitato San Francesco nel 1218.
Della prima struttura rimane solo la cella campanaria, che si trova opposta alla facciata della chiesa. Già nel XIVsecolo subì dei cambiamenti e ristrutturazioni, ma fu nel settecento che il monastero conobbe il massimo splendore,  dando vita ad un centro di filosofia e teologia.
La facciata fu ricostruita nel '700 in stile tardo barocco- leccese, ad opera di tre architetti:Vito Valentino, Tommaso Panetta e un terzo ignoto. Degne di nota sono le quattro paraste sormontate da acroteri e fastigi, su cui sono poste le statue di San Francesco e Sant'Antonio e, al centro, in alto la statua dell'Immacolata tra i festoni.
La pianta è a croce latina, il soffitto è a cassettoni, ma in origine era a capriate con arco trionfale a sesto acuto e abside con volta a crociera. Tra il XV e il XVI secolo furono costruite le cappelle laterali: sul lato destro le altre cappelle conservano i sarcofagi di nobili della città , che contribuirono alle spese per la realizzazione degli ambienti.
Nel 1670 il Vescovo Lanfranchi fece sostituire la volta a capriate ormai pericolanti, da un controsoffitto in legno, che nel 1949 è stato ridipinto da Vito Epifania con un soffitto in cemento a livello inferiore.
A sinistra dell'ingresso, vi è una notevole acquasantiera del XII-XV secolo, poi una Cappella della famiglia nobile dei Malvinni, dedicata a San Francesco. Sull'altare si scorge una piccola tela con l'immagine del Crocifisso che appare a San Francesco dandogli le stimmate. Sul lato destro, in una nicchia in alto, è posta la statua di San Francesco.
La seconda Cappella è dedicata all'Immacolata e sull'altare vi è una tela, opera di Antonio Stabile, donata dalla famiglia Ferraù. Sulla parete di sinistra si trova l'Incoronazione della Vergine.
L'ultima cappella è dedicata a Gesù Crocifisso, ai cui piedi stanno la Madonna, la Maddalena, San Giovanni Battista. In due nicchie speculari le statue di Cristo alla colonna e"l'Ecce Homo" del XVII secolo.
Dall'altra parte, sul versante destro, vi è un'acquasantiera del XIII e, di seguito, la prima Cappella dedicata in passato alla Madonna degli Angeli. Sull'altare un Crocifisso in cartapesta, opera del materano Francesco Pentasuglia; sulla parete di sinistra si nota una tela con la Madonna degli Angeli e san Francesco, San Giuseppe, e San Gaetano; a destra, in una nicchia, la statua dell'Addolorata.
La seconda cappella è dedicata a sant'Antonio da Padova, il cui altare è in legno dorato e intagliato come anche la statua, opera di Stefano da Putignano (XVI secolo). Sulla parete di sinistra, lo stemma di Monsignor Lanfranchi, che ricorda il dono della lampada d'argento fatto dal presule. Sulla destra, invece, un sarcofago del medico materano Eustachio Paulicelli (forse opera di Aurelio Persio XVI secolo).
La terza Cappella è dedicata a Santa Maria da Costantinopoli; sulla parete di sinistra, in alto, l'Arcangelo Michele e, in basso, san Francesco. Tra la terza e la quarta Cappella, addossato alla parete, si trova il pulpito ligneo del XVII secolo.
La quarta cappella presenta sull'altare una tela con la Madonna e il Bambino, San Giovanni Battista e Santa Chiara; sulla parete di destra la Madonna del Rosario e, di fronte, la glorificazione di San Francesco e nella nicchia la statua di Sant'Antonio.
L'ultima Cappella è dedicata a Maria Santissima Annunziata e sull'altare la scena dell'Evento, sulla parete di sinistra vi è il monumento sepolcrale del Cav. M. Malvinni del XIX secolo e sulla parte destra la tela con il matrimonio mistico di Santa Rosa. Sulla cantorìa dell'organo ( XVI secolo) troneggia lo stupendo polittico attribuito a Lazzaro Bastiano (XVI secolo) ripartito in nove pannelli con differenti soggetti.
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